Ein wesentlicher Arbeitsschwerpunkt des NLGA liegt in der Erkennung, Verhütung und Bekämpfung von Infektionskrankheiten. Die dafür erforderlichen Maßnahmen einschließlich der Durchführung mikrobiologischer Laboruntersuchungen werden von der Abteilung  "Mikrobiologie, Krankenhaushygiene, Infektionsschutz und Infektionsepidemiologie" wahrgenommen.
Dies sind u.a.:

• Identifikation infektionsbedingter Erkrankungshäufungen anhand von Labor- und Meldedaten, Durchführung von mikrobiologischen Untersuchungen und epidemiologische Unterstützung der unteren Gesundheitsbehörden, ggf. auch vor Ort, bei deren Aufklärung; Beratung und Fortbildung zu hygienischen Aspekten.
• Sammlung, Bewertung, Weiterleitung und Veröffentlichung der von den unteren Gesundheitsbehörden übermittelten Impfdaten.
• Labordiagnostische Untersuchungen bevölkerungsmedizinisch bedeutsamer Infektionen in besonderen Risikogruppen in Zusammenarbeit mit den betreuenden Einrichtungen. Analyse der Ergebnisse hinsichtlich epidemiologischer Trends oder Veränderungen im Risikoverhalten, Ableitung von Präventionsempfehlungen.
• Entwicklung und Einführung von Laborverfahren zur schnellen Erkennung und Typisierung bei Auftreten von hochinfektiösen (z.B. Milzbrand, Pocken), epidemisch wirksamen (z. B. Influenza, Salmonellen, West-Nil-Fieber) und neu auftretenden Erregern.
• Entwicklung von Schutzkonzepten in Zusammenarbeit mit weiteren Behörden (z.B. Infektionsalarmplan, Pockenalarmplan, Influenzapandemieplan, Alarmplan zu weiteren hochinfektiösen oder bioterroristisch relevanten Erregern).
• Mikrobiologische Untersuchungen zur Beurteilung und Verbesserung der Hygiene in Krankenhäusern sowie Alten- und Pflegeheimen in Niedersachsen und Erstellung und Fortentwicklung handlungsorientierter Empfehlungen zum Management von Infektionskrankheiten unter Berücksichtigung hygienerelevanter Aspekte.