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Molekularbiologische Diagnostik

Polymerasekettenreaktion (PCR)

Im Rahmen der Abklärung von Infektionskrankheiten stellen PCR-Verfahren im Gegensatz zur serologischen Diagnostik ein direktes labormedizinisches Nachweisverfahren dar. Als Untersuchungsmaterialien kommen für PCR-Verfahren Blut und andere Körperflüssigkeiten wie Sputum, Zell- und Gewebeproben (z.B. Abstriche aus dem Nasen-/Rachenbereich bzw. Haut), Harn, Liquor zum Einsatz.

Das molekularbiologische Labor des NLGAs bietet modernste PCR-Methoden an, die sowohl qualitative als auch quantitative Ergebnisse zur Abklärung diagnostischer Fragestellungen liefern. Bei der Multiplex-PCR können aus einem Untersuchungsmaterial sogar mehrere Infektionserreger parallel analysiert werden. Für die SARS-CoV-2-Diagnostik wurde die sogenannte Target-PCR etabliert, die aufgrund von Mutationen eine Virustypenzuordnung erlaubt. Eine anschließende Feintypisierung erfolgt bei Bedarf über Next Generation Sequencing.

Next Generation Sequencing (NGS)

Die hochauflösende Ganzgenomsequenzierung mittels Next Generation Sequencing (NGS) ist heutzutage die Methode der Wahl zur Überwachung (Surveillance) und Ausbruchsaufklärung von Infektionserregern.

Coronasequenzierung

Seit Februar 2021 wurden über 1000 SARS-CoV-2-Proben (Stand November 2021) am NLGA im Auftrag der niedersächsischen Gesundheitsämter zur Varianten- und Mutationsbestimmung sequenziert. Der Schwerpunkt liegt hierbei auf der Untersuchung von Impfdurchbrüchen und Reinfektionen sowie der Analyse von ungewöhnlichen Krankheitsverläufen.

Untersuchungen von Infektionsausbrüchen und Identifizierung möglicher Infektionsquellen

Bei Verdacht auf Ausbrüche multiresistenter Erreger in medizinischen Einrichtungen bietet das NLGA den niedersächsischen Gesundheitsämtern eine Sequenzierung der Isolate an, um den Ausbruch zu bestätigen und die dazugehörigen Fälle einzugrenzen. Hierdurch können das Ausbruchsmanagement unterstützt und gezieltere krankenhaushygienische Maßnahmen ergriffen werden. Bei lebensmittelbedingten Infektionen und Ausbrüchen kann in Kooperation mit dem Niedersächsischen Landesamt für Verbraucherschutz und Lebensmittelsicherheit (LAVES) auch ein möglicher Zusammenhang zwischen Erregern in Human- und Lebensmittel-Proben untersucht werden.

NGS-basierte Surveillance

2019 wurde die molekulare Surveillance von Carbapenem-nichtempfindlichen Acinetobacter am NLGA etabliert. Von den gemäß IfSG gemeldeten Fällen aus Niedersachsen werden Isolate am NLGA feintypisiert, um frühzeitig lokale Cluster und Ausbrüche zu erkennen bzw. um bei einem Verdacht auf einen nosokomialen Ausbruch mögliche Transmissionen zu bestätigen. Darüber hinaus ermöglicht die Ganzgenomsequenzierung einen Einblick in die molekulare Epidemiologie von Carbapenemasen und anderen Mechanismen der Carbapenem-Resistenz.

Nanopore Sequencing

Aktuell wird die Nanopore-Sequenzierung am NLGA etabliert. Mit dieser alternativen Sequenzierungstechnologie ist ein erweitertes Angebotsspektrum möglich, welches z. B. die schnelle Feintypisierung von Enteroviren beinhalten soll.

Kontaktdaten

Die Laborbereiche für PCR und NGS können telefonisch unter der 0511 4505-201 erreicht werden. Zusätzlich gibt es die Möglichkeit, das NGS-Labor unter ngs@nlga.niedersachsen.de zu kontaktieren.

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